赤字決算でも税金は発生？中小企業の法人税ゼロでも残る税金の種類10選

赤字決算なら法人税はかからない、と安心していませんか。実際は法人住民税の均等割や消費税、源泉所得税など、赤字でも納付が残るケースがあります。この記事では、税金が発生する条件と納付時期、会計赤字と課税所得のズレ、欠損金の活用、納付が厳しい時の猶予・分割の考え方、資金繰り表の基本、融資・制度資金の選び方まで整理します。

赤字でも発生する税金全体像

赤字決算でも「法人税が必ずゼロ」「税金の支払いが一切ない」とは限りません。法人税は課税所得（税務上の利益）に対して計算しますが、法人住民税の均等割のように所得と関係なく発生する税目もあります。また消費税は利益ではなく取引（課税売上・課税仕入れ）をもとに計算されるため、赤字でも納付になることがあります。決算が赤字でも、納付が残る税目と納付時期を先に把握しておくと、資金繰りの見通しが立てやすくなります。制度や税制は変更される可能性があるため、最終判断は最新の公的情報と専門家の確認が前提です。

法人税がゼロになる条件チェック

法人税がゼロになりやすいのは、税務上の計算で課税所得がゼロ以下になる場合です。ここで重要なのは、会計上の赤字（損益計算書の利益がマイナス）と、課税所得が一致しないことがある点です。損金にできない支出（税務上は経費にならないもの）が多いと、会計は赤字でも課税所得がプラスになり、法人税が発生する可能性があります。逆に会計が黒字でも、欠損金の繰越控除などで課税所得が圧縮される場合もあります。まずは「会計利益→税務調整→課税所得」の流れを前提に、どこで差が出るかを確認すると誤解が減ります。

均等割・消費税の注意点

赤字でも納付が残りやすい代表例が、法人住民税の均等割と消費税です。均等割は、所得ではなく「資本金等の規模」や「従業者数」などで金額が決まる枠組みのため、赤字でも発生することがあります。消費税は、課税期間中の「売上にかかる消費税」から「仕入れ等で支払った消費税」を差し引いて計算するため、利益が出ていなくても納付になる場合があります。たとえば、値引きや原価高で利益が薄い年でも、課税売上が一定規模あり仕入控除が相対的に少ないと、納付が残るイメージです。なお、免税事業者に該当するかどうかや、簡易課税の選択などで扱いが変わるため、前期・前々期の条件や届出状況も合わせて確認が必要です。

会計赤字と課税所得のズレ基準

会計赤字でも法人税が出る、または会計黒字でも法人税が小さい、といったズレは「会計と税務のルールが違う」ことで起こります。ズレの原因には、永続的に差が埋まらないもの（税務上ずっと損金にできない等）と、将来どこかで差が解消するもの（計上時期の違い等）があります。目安として、次のような論点が多いほど、会計と課税所得の差が出やすくなります。たとえば会計上は赤字100万円でも、損金不算入が150万円あると課税所得が50万円になる、といったイメージです。

• 損金不算入になりやすい支出の有無（要件を満たさない役員関連費用など）
• 交際費など上限・区分のある費用が多いか
• 引当金・評価損など、税務上の計上要件が厳しい項目があるか
• 欠損金の繰越控除の残高と、当期で控除できる範囲がどうか
• 計上時期のズレ（売上・費用の計上基準の違い）がないか

中小企業の赤字決算チェック

赤字決算の年は「法人税が出ないなら大丈夫」と判断しがちですが、均等割や消費税、源泉所得税などは別ルールで動くため、決算前の確認が重要です。特に中小企業は、決算確定から申告・納付までの期間が短く、納付資金の手当てが後回しになると資金繰りが急に苦しくなることがあります。決算前に「税金が発生する可能性」「納付時期」「帳票・証憑の整備」をそろえておくと、納付の見通しと金融機関への説明材料が同時に整います。制度や取扱いは改正されることがあるため、最終的には最新の公的情報と顧問税理士等で確認してください。

決算前の納税見込み作成ポイント

納税見込みは「決算が終わってから考える」よりも、決算の1〜2か月前に概算を作り、資金手当ての判断材料にするのが現実的です。法人税だけでなく、均等割や消費税なども同時に見積もることで、「赤字なのに納付がある」事態を回避しやすくなります。概算は精密である必要はありませんが、前提条件（売上・仕入・人件費・設備投資の有無など）を明確にしておくと、決算確定時のズレが小さくなります。

1. 当期の売上・仕入・人件費の着地見込みを更新する
2. 消費税の課税売上・課税仕入の状況を整理する（免税・簡易課税の届出状況も確認）
3. 会計上の利益見込みに、税務上の加算・減算になりそうな項目を洗い出す
4. 決算日から申告期限までに必要な資金（税金・社保・賞与など）を月別に並べる
5. 不足が見えたら、支払条件の見直しや資金調達の検討を前倒しする

役員報酬・交際費の損金基準

「損金」とは、法人税の計算で利益から差し引ける費用（税務上の経費）を指します。赤字決算でも、損金にならない支出が増えると「会計は赤字でも課税所得が出る」要因になり得ます。役員報酬は、支給方法や変更タイミングによって損金算入の可否が分かれやすい項目です。また交際費は、支出の目的や記録が不十分だと否認リスクが高まるため、領収書だけでなく内容が説明できる記録を残すことが重要です（飲食費の扱いなど細目は要件・改正で変わるため最新情報の確認が前提です）。

納付資金の確保ステップ

納付資金の確保は「納付期限直前にまとめて用意する」よりも、決算前から分割で積み上げるほうが資金繰りが安定します。特に源泉所得税や社会保険料は、遅れると手続きが複雑化しやすいため、優先順位をつけて管理することが重要です。たとえば、2か月後に納付が見込まれる金額が60万円なら、月30万円ずつ別口座に積み立てるだけでも、当日の資金ショートを防ぎやすくなります。資金が不足しそうな場合は、納付期限の前に相談窓口へ連絡し、分割などの選択肢を検討することが現実的です。

欠損金と繰越控除の条件

欠損金（税務上の赤字）は、将来の法人税負担を軽くするために活用できる場合があります。代表的なのが、将来の黒字と相殺する「繰越控除」と、一定の要件を満たすと前年に納めた法人税の一部が戻る可能性がある「繰戻し還付」です。どちらも原則として申告手続きと帳簿・証憑の整備が前提で、期限後申告になると使えない・使いにくいケースがあるため、赤字の年ほど決算と申告を計画的に進めることが大切です。制度は改正されることがあるため、適用可否は最新情報で確認してください。

青色申告の要件と期限

欠損金の繰越控除や繰戻し還付は、青色申告（一定の帳簿を備え付けて正しく記帳し、所定の手続きをした申告）を前提にする場面が多いです。特に重要なのが「青色申告の承認手続き」と「期限内申告」です。赤字の年は申告を後回しにしがちですが、期限を過ぎると欠損金の取扱いに影響する可能性があります。また、欠損金は発生年度ごとに残高管理が必要になるため、決算書・申告書だけでなく、根拠となる帳簿や証憑がそろっていることが実務上の安心材料になります。

繰戻し還付の対象チェック

繰戻し還付は「前年に法人税を納めていて、今年が欠損になった」場合に、資金繰り面で助けになる可能性があります。一般に、前年の課税所得の範囲内で当期の欠損金を繰り戻し、前年分の法人税の一部が還付されるイメージです。ただし、対象になり得る法人区分や要件、申告時の手続き（還付請求の意思表示や添付書類等）があり、すべてのケースで使えるわけではありません。還付が見込めるかどうかは、前年の申告内容と当期の欠損金額、手続き状況をセットで確認します。

1. 前年に法人税を納付しているか（前年が赤字なら還付原資がない）
2. 当期に欠損金が生じているか（税務上の欠損金で判定）
3. 対象となる法人区分・要件を満たすか（制度の適用条件を確認）
4. 当期の申告で還付請求の手続きを行えるか（期限と書類の準備）
5. 還付までの期間を見込み、資金繰り表に反映する（入金時期は幅を持つ）

繰越控除の制限と注意点

繰越控除は、欠損金を翌期以降の黒字と相殺できる一方で、いくつか注意点があります。代表的なのは、期限内申告や帳簿保存などの前提を満たしていること、欠損金の繰越期間や控除できる範囲に制度上の制限が設けられる場合があることです。さらに、欠損金は「いつの赤字か」を年度別に管理し、翌期以降の申告で継続して反映する必要があります。赤字の年こそ、将来の節税効果を確実にするために、決算・申告の段階で管理を固めるのが安全です。

赤字期の納付スケジュール

赤字期の資金繰りでつまずきやすいのは、「納付がある税目」と「支払いのタイミング」がばらばらな点です。法人税が出ない年でも、消費税や源泉所得税、法人住民税（均等割）などは納付が残る可能性があります。さらに、固定資産税や社会保険料は税金とは計算軸が異なり、事業の損益に関係なく発生しやすい支出です。大切なのは、決算後の申告期限だけを見るのではなく、毎月・毎期の支払日をカレンダー化して、資金繰り表に落とし込むことです。制度や期限は変更されることがあるため、最新の公的案内と通知書で確認してください。

消費税の納税時期と資金手当て

消費税は、利益ではなく取引（課税売上・課税仕入れ）をもとに計算されるため、赤字でも納付が発生することがあります。納付のタイミングは、一般に課税期間（多くは事業年度）終了後の申告・納付期限に合わせて到来します。つまり、決算が確定してから「思ったより納付が大きい」と気づくと、短期間で資金を用意しなければならず、資金繰りが一気に厳しくなりがちです。そこで、月次の段階から概算を作り、納付に備えて積み立てるのが現実的です。

源泉所得税・住民税の支払目安

源泉所得税は、給与や報酬を支払うときに天引きして預かり、国に納付する税金です。会社の利益とは連動しないため、赤字でも支払いが発生します。納付時期は原則として毎月ですが、一定の要件を満たすと半年分をまとめて納付する特例が使える場合があります。どちらにしても「預かっている税金」を期限までに納付する仕組みなので、運転資金と混ぜてしまうと資金不足の原因になります。住民税（特別徴収）も同様に、従業員から預かった分を納付するため、赤字期ほど口座管理を分けておくと安心です。

固定資産税・社保の見落としチェック

赤字期に見落としやすいのが、固定資産税や社会保険料（健康保険・厚生年金など）です。これらは「利益が出たら払う」ものではなく、資産の保有や加入状況・給与額などに応じて発生しやすい支出です。固定資産税は納付時期が年に複数回に分かれることが多く、事務所や設備を保有していると負担が続きます。社会保険料は毎月の支払いが基本で、赤字期でも遅れが生じると手続きが増え、信用面でも影響が出やすくなります。資金繰り表には「税金」だけでなく「保険料」も同列で並べ、支払日と金額の見通しを固定化しておくことが重要です。

• 固定資産税の納付書が届く時期と、分割納付の回数を確認する
• 社会保険料の支払日（口座振替日等）を月次で固定し、資金繰り表に反映する
• 賞与・昇給・人員増減で社会保険料が変動する可能性を見込む
• 資金不足が見えた時点で、税務署・年金事務所等へ早めに相談する準備をする

納付が厳しい時の対応策

赤字期に納付が重なると、手元資金が一時的に足りず「どれから払うべきか」「延滞を避けるにはどう動くか」で迷いやすくなります。基本は、支払期限を過ぎる前に状況を整理し、相談と手続きを早めに進めることです。税金や社会保険料は、放置すると延滞税・延滞金の負担が増えるだけでなく、金融機関との取引や各種手続きに影響する可能性もあります。短期の資金確保と同時に、資金繰り表で見通しを作り、分納や資金調達の検討を「数字」で説明できる状態にしておくと、現実的な打ち手を選びやすくなります。

猶予・分割の相談先比較

納付が難しいときは「どこに何を相談するか」を間違えると時間だけが過ぎます。税金は国税と地方税で窓口が分かれ、社会保険料も所管が異なります。相談の前に、納付書（督促状がある場合はそれも）と、直近の試算表・資金繰り表・預金通帳の入出金が分かる資料を用意しておくと話が早いです。分割を希望する場合は、毎月いくらなら払えるかを数字で示すことが重要です。たとえば「今月は10万円、来月以降は月20万円で6回」など、現実的な計画に落とし込みます。

延滞税を抑える優先順位

延滞税・延滞金は、遅れた日数に応じて増えるのが一般的です。資金が足りないときは「放置しない」「期限前に連絡する」「少額でも先に入れる」を徹底すると、負担の膨張を抑えやすくなります。実務上は、従業員や外部への支払いに連動しやすいもの（預かった税、社会保険料など）から資金を確保し、残りを分割の相談に回す考え方が現実的です。たとえば月末に「源泉10万円・社保25万円・消費税80万円」が重なるなら、まず源泉と社保を確保し、消費税は期限前に分割相談を進める、といった組み立てです。

公的融資・制度資金の選び方目安

資金繰りの穴埋めで借入を検討する場合は、スピードだけで選ぶと返済負担が重くなりやすいです。公的融資や制度資金は、民間の借入と比べて条件面で検討しやすい場合がありますが、審査には提出資料と説明の整合性が求められます。税金や社会保険料の未納があると、一般に審査で不利に働く可能性があるため、状況の説明と支払計画（分割・猶予の相談状況を含む）を整理しておくことが大切です。必要額が300万円で「いつまでに」「何に使うか（運転資金・納税資金など）」を明確にし、返済は月々いくらが上限かを資金繰り表で確認してから比較します。

• 必要額と必要時期：来月末までに200万円、3か月後に追加100万円など
• 資金使途：納付資金・仕入資金・人件費など、用途を説明できる形にする
• コストと返済：金利だけでなく、返済期間と月返済額の負担感で比較する
• 提出資料：決算書、試算表、資金繰り表、税の納付状況・支払計画をそろえる
• 向き不向き：時間に余裕があるなら公的・制度、急ぐなら別手段も含めて検討する

資金繰り表の改善活用法

資金繰り表は「残高がいつマイナスになるか」「どの支払いが原因か」を早期に見つける道具です。赤字期は月次よりも短いサイクル（週次や13週など）で更新すると、対策の着手が早くなります。たとえば「12/25に売掛金120万円入金予定、12/28に給与90万円、1/10に仕入60万円、1/31に税金60万円」のように日付で並べると、回収が2週間遅れたときに残高がどう崩れるかが見えます。見えた不足は、回収条件の調整、支払サイト交渉、分割相談、資金調達の順に検討し、実行したら表に反映して再評価します。

まとめ

赤字でも①均等割・消費税などは納付が残ることがある②会計赤字と課税所得は一致しない場合がある③欠損金の繰越控除／繰戻し還付で負担軽減を検討できる④納付が厳しければ猶予・分割を早期に相談するのが基本です。次は、資金繰り表で入出金予定を整理し、候補となる資金調達手段を比較して、中長期の返済計画とあわせて準備を進めましょう。